Par: Everestus Akanno, PhD., Généticien, Genesus Inc.

Le succès des programmes d'amélioration génétique des porcs dépend fortement de la production, de la collecte et de l'analyse continues de données à l'échelle de l'industrie provenant à la fois du noyau et des milieux commerciaux.

Ces données proviennent de diverses sources, notamment des installations de test de descendance, des usines de conditionnement, des étables de noyau et commerciales, et des laboratoires d'ADN (Fig.1) qui sont généralement caractérisés par un environnement de travail au rythme rapide où la génération et la collecte de données se produisent rapidement et en continu et les gens peuvent ne pas avoir l'exactitude des données comme priorité absolue, créant ainsi de la place pour d'éventuelles erreurs. En outre, les progrès de la technologie et du calcul ont permis l'automatisation de la génération de données et de l'intégration dans une base de données distante, ce qui peut réduire les erreurs potentielles. Néanmoins, des questions subsistent sur la qualité et la validité des données à l'échelle de l'industrie pour comparer les cohortes, évaluer le mérite génétique et prendre des décisions de sélection.

Qu'est-ce que l'intégrité des données?


Dans le contexte des programmes d'amélioration génétique, l'intégrité des données est définie comme la mesure dans laquelle les données collectées sur un individu sont complètes, cohérentes, exactes et fiables à des fins d'évaluation génétique. Selon les directives fournies par l'International Council on Animal Recording (ICAR, 2018), un enregistrement complet et précis d'un animal doit avoir les attributs suivants:

  1. Identification des animaux - L'animal doit être correctement identifié à l'aide de toute méthode d'identification appropriée.
  2. Vérification de la filiation - La filiation de l'individu doit être vérifiée et traçable.
  3. Dates d'enregistrement - Les dates de naissance et les dates des mesures doivent être complètes et exactes.
  4. Valeurs phénotypiques - La valeur de l'enregistrement animal de la production ou du niveau de performance doit être comprise dans les limites de référence publiées autorisées pour les caractères et la race.
  5. Effets systématiques - Les facteurs connus pour être associés à l'enregistrement des performances d'un individu doivent être notés et correctement documentés.

Problèmes d'intégrité des données dans la production porcine

La collecte et l'interprétation des données sont à la base des nombreuses décisions prises dans l'industrie porcine. La production de quantités importantes de données est devenue une partie normale de l'activité d'amélioration génétique des porcs, en particulier avec l'avènement de la technologie génomique. Cependant, les erreurs humaines et les défaillances des systèmes automatisés peuvent compromettre l'intégrité des données. Les exemples de problèmes potentiels liés à l'intégrité des données incluent, sans toutefois s'y limiter:

  1. Mauvais étiquetage d'échantillons (par exemple à des fins de génotypage).
  2. Mauvaise manipulation des échantillons pendant le stockage qui peut entraîner des données manquantes.
  3. Identification incorrecte de l'animal.
  4. Attribution incorrecte de la filiation.
  5. Erreur lors de la saisie des données.
  6. Défaillance des systèmes de mesure automatisés entraînant des mesures inexactes ou une interruption des mesures chronométrées (par exemple, équipement individuel de prise alimentaire).
  7. Enregistrement échographique imprécis par des techniciens inexpérimentés ou non formés

Les efforts visant à atténuer ces problèmes contribueront grandement à améliorer la qualité et l'intégrité des données utilisées pour l'évaluation génétique, conduisant ainsi à une estimation plus précise du mérite génétique.

Mesures pour améliorer l'intégrité des données dans les systèmes d'évaluation génétique


Comme indiqué précédemment, des erreurs dans l'attribution de la filiation et dans la liaison des données (génotype ou phénotype) aux bons animaux dans le système d'enregistrement peuvent être très désastreuses et miner le pouvoir prédictif du système d'évaluation génétique. Les personnes sont la clé la plus importante de l'intégrité des données. Le personnel qui s'intéresse vivement et comprend l'importance des données de qualité est la ressource la plus précieuse pour garantir l'intégrité des données. Par conséquent, l'intégrité des données doit être fréquemment surveillée en gardant un œil attentif sur les domaines suivants:

  1. Les données provenant de diverses sources doivent être vérifiées et interrogées avant d'être intégrées dans la base de données.
  2. Tous les logiciels prenant en charge la collecte de données, le traitement des données et la communication des données doivent être régulièrement validés.
  3. L'accès à la base de données devrait être limité aux personnes responsables de la collecte et de la gestion des données.
  4. Toutes les personnes impliquées dans la collecte et l'analyse des données doivent être formées et conserver leur certification, le cas échéant.
  5. Des mesures de contrôle de la qualité devraient être en place et automatisées pour identifier les erreurs potentielles dans la saisie des données.
  6. L'utilisation et l'analyse des données doivent inclure des étapes d'identification, de visualisation et de filtrage des données erronées.

En tant que leader mondial de la génétique porcine, Genesus Inc. prend l'intégrité des données très au sérieux. Notre personnel dévoué considère l'intégrité des données comme la priorité absolue. Nous surveillons en permanence l'intégrité des données et avons établi des mesures pour identifier et exclure les données erronées de l'entrée dans la base de données. En outre, l'équipe Genesus Genetic recherche et développe en permanence de nouvelles approches pour améliorer la qualité des données utilisées dans l'estimation du mérite génétique, fournissant ainsi la meilleure génétique à nos clients.

Références:
ICAR (2018). La norme mondiale pour les données sur l'élevage.

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Cette publication a été écrite par Genesus