Everestus Akanno, PhD., Genetista, Genesus Inc.

L'obiettivo di allevamento dei programmi di allevamento dei suini di nucleo è migliorare le prestazioni dei suini incrociati commerciali. Tuttavia, quelli che sembrano essere gli stessi tratti (ad esempio, il tasso di crescita) possono essere espressi in modo diverso a livello commerciale e di mandria di nucleo e quindi potrebbero non essere geneticamente gli stessi a causa delle differenze nella gestione, nell'ambiente di produzione, ecc.

Di conseguenza, il progresso genetico raggiunto nel nucleo potrebbe non essere osservato direttamente nella mandria commerciale. Pertanto, gli attuali sforzi di ricerca sono focalizzati sulla valutazione della possibilità di incorporare dati commerciali nei programmi di valutazione genetica del nucleo per prevedere i valori di riproduzione degli animali del nucleo per le prestazioni incrociate (Christensen et al. Genet. Sel. Evol. (2015) 47:98, doi: 10.1186 / s12711-015-0177-6). Ciò richiede la raccolta di ulteriori informazioni genealogiche dal nucleo fino al maiale commerciale, in modo che le relazioni genetiche tra suini commerciali e nucleo possano essere tracciate.

Gli approcci tradizionali di tracciamento delle informazioni su tori e madri a livello moltiplicatore e commerciale possono essere costosi e di solito richiedono mandrie di ricerca commerciale cooperativa che potrebbero non essere realmente rappresentative delle mandrie commerciali tipiche. Un modo per affrontare questo problema è utilizzare le informazioni genomiche sugli animali incrociati e con nucleo per creare una relazione genetica combinata tra i diversi livelli della mandria. Una domanda importante per la valutazione genomica utilizzando questo tipo di dati è come definire le relazioni genetiche all'interno e attraverso le generazioni di base di più popolazioni (ad esempio, purosangue, incroci F1 (YL) e ibridi 3 vie (D (YL))).

Cosa sono i metafondatori?

I metafondatori sono un gruppo di individui, con genitori sconosciuti che sono considerati fondatori ancestrali da cui possono aver avuto origine gli animali più vecchi (Legarra et al. Genetics, Vol. 200, 455–468 giugno 2015, doi: 10.1534 / genetics.115.177014). Viene creato un gruppo metafondatore in base a qualche forma di somiglianza come linea genetica, sesso o età. Sono considerati correlati tra loro e la loro relazione tra di loro deriva dalla relazione genomica di tutti i loro discendenti.

Utilizzo di metafondatori nella valutazione genetica

Il piano per utilizzare i dati di tutti i livelli di produzione allo scopo di condurre una valutazione genetica combinata di razza pura-incrociata ha aperto l'opportunità per lo sviluppo di una relazione combinata e completa per più popolazioni con pedigree. Laddove il pedigree è disponibile come nel nucleo, ogni razza che contribuisce ha i suoi animali più vecchi e si presume che non siano imparentati con gli animali più vecchi di altre popolazioni di razza.

In questo scenario, i meta-fondatori vengono utilizzati per creare una relazione tra tutti gli animali più vecchi di razze diverse, collegando così insieme i set di dati delle varie razze. Le informazioni genomiche vengono utilizzate per stimare queste relazioni per i dati incrociati commerciali e quindi collegare insieme i meta-fondatori e tutte le fonti di dati.

A titolo di esempio, la Tabella 1 mostra l'impostazione dell'albero genealogico per 11 maiali provenienti da tutti i livelli di produzione. Per collegare tutte e tre le razze sono stati creati tre meta-fondatori ciascuno per Landrace (AF-L), Yorkshire (AF-Y) e Duroc (AF-D). Gli individui 1-6 rappresentano i fondatori purosangue delle razze Landrace, Yorkshire e Duroc e si presume che provengano da ciascuno dei tre meta-fondatori. Gli individui 7-9 rappresentano tutti i maiali di razza nati e cresciuti nel nucleo. L'individuo 10 rappresenta tutti i suini incrociati materni F1 (LY) a livello del moltiplicatore mentre l'individuo 11 rappresenta la croce terminale a tre vie (D (LY)) a livello commerciale.

La creazione di un pedigree completo in questo modo garantisce che tutti i dati in uscita dai vari sistemi di produzione siano collegati tra loro e utilizzati a fini di valutazione genetica. L'avvertenza di questo sforzo è il costo aggiuntivo associato alla genotipizzazione degli animali a tutti i livelli di produzione per essere in grado di stabilire una relazione buona e completa.

Impatto dei meta-fondatori sulla previsione del valore genetico

Oltre all'ovvio impatto dell'esecuzione della valutazione genetica utilizzando un ampio set di dati da tutti i livelli del settore, i primi risultati della ricerca (Xiang et al. J Anim Sci.2017 Apr; 95 (4): 1472-1480. Doi: 10.2527 / jas.2016.1155 ; van Grevenhof et al. J. Anim. Sci. 2019.97: 548–558, doi: 10.1093 / jas / sky433) hanno dimostrato:

  1. Migliore accuratezza dei valori genetici e miglioramento del tasso di guadagno genetico.
  2. Miglioramento della graduatoria dei candidati alla selezione.
  3. Diminuzione della consanguineità.

Il team di ricerca e sviluppo Genesus ricerca e rivede continuamente il sistema di valutazione genetica e attualmente acquisisce genotipi e fenotipi da tutti i livelli di produzione per implementare una valutazione genomica di razza pura-incrociata per tutti gli animali del nucleo. Questo sforzo garantirà che Genesus Inc. continui ad assumere una posizione di leadership nel miglioramento del merito genetico del patrimonio genetico di Genesus per soddisfare le esigenze di tutti i clienti.

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Questo post è stato scritto da Genesus