Everestus Akanno, PhD., นักพันธุศาสตร์, Genesus Inc.
วัตถุประสงค์ในการปรับปรุงพันธุ์ของโครงการปรับปรุงพันธุ์สุกรนิวเคลียสคือการปรับปรุงประสิทธิภาพของสุกรลูกผสมทางการค้า อย่างไรก็ตามสิ่งที่ดูเหมือนจะมีลักษณะเหมือนกัน (เช่นอัตราการเจริญเติบโต) อาจแสดงออกแตกต่างกันในระดับการค้าและระดับฝูงนิวเคลียสดังนั้นจึงอาจไม่เหมือนกันทางพันธุกรรมเนื่องจากความแตกต่างในการจัดการสภาพแวดล้อมการผลิต ฯลฯ
ดังนั้นความก้าวหน้าทางพันธุกรรมที่เกิดขึ้นในนิวเคลียสอาจไม่สามารถสังเกตเห็นได้โดยตรงที่ฝูงสัตว์ในเชิงพาณิชย์ ดังนั้นความพยายามในการวิจัยในปัจจุบันจึงมุ่งเน้นไปที่การประเมินความเป็นไปได้ในการผสมผสานข้อมูลทางการค้าเข้ากับโปรแกรมการประเมินทางพันธุกรรมของนิวเคลียสเพื่อทำนายค่าการผสมพันธุ์ของสัตว์ในนิวเคลียสสำหรับการผสมพันธุ์ลูกผสม (Christensen et al. Genet. Sel. Evol. (2015) 47:98, doi: 10.1186 / s12711-015-0177-6) สิ่งนี้ต้องการการรวบรวมข้อมูลสายเลือดเพิ่มเติมจากนิวเคลียสไปจนถึงสุกรเชิงพาณิชย์เพื่อให้สามารถติดตามความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างสุกรเชิงพาณิชย์และสุกรในเชิงพาณิชย์ได้
วิธีการแบบดั้งเดิมในการติดตามข้อมูลของฝ่าบาทและเขื่อนในระดับตัวคูณและเชิงพาณิชย์อาจมีราคาแพงและมักจะต้องอาศัยฝูงวิจัยเชิงพาณิชย์ที่ร่วมมือกันซึ่งตัวเองอาจไม่ได้เป็นตัวแทนของฝูงสัตว์เชิงพาณิชย์ทั่วไปอย่างแท้จริง วิธีหนึ่งในการจัดการกับปัญหานี้คือการใช้ข้อมูลจีโนมของสัตว์ผสมข้ามพันธุ์และสัตว์ในนิวเคลียสเพื่อสร้างความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมแบบผสมผสานในระดับฝูงต่างๆ คำถามที่สำคัญสำหรับการประเมินจีโนมโดยใช้ข้อมูลประเภทนี้คือการกำหนดความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมภายในและระหว่างรุ่นพื้นฐานของประชากรหลายกลุ่ม (เช่นพันธุ์แท้ลูกผสม F1 (YL) และลูกผสม 3 ทาง (D (YL)))
metafounders คืออะไร?
Metafounders เป็นกลุ่มบุคคลที่มีพ่อแม่ที่ไม่รู้จักซึ่งถือว่าเป็นผู้ก่อตั้งบรรพบุรุษซึ่งสัตว์ที่เก่าแก่ที่สุดอาจมีต้นกำเนิดมา (Legarra et al. Genetics, Vol. 200, 455–468 มิถุนายน 2015, ดอย: 10.1534 / genetics.115.177014) กลุ่ม metafounder ถูกสร้างขึ้นตามรูปแบบของความคล้ายคลึงกันเช่นสายพันธุกรรมเพศหรืออายุ พวกเขาถือว่ามีความเกี่ยวข้องกันและความสัมพันธ์ระหว่างกันนั้นมาจากความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของลูกหลานทั้งหมด
การใช้ metafounders ในการประเมินทางพันธุกรรม
แผนการใช้ข้อมูลจากทุกระดับการผลิตเพื่อจุดประสงค์ในการประเมินผลทางพันธุกรรมผสมข้ามสายพันธุ์แท้แบบผสมผสานได้เปิดโอกาสในการพัฒนาความสัมพันธ์แบบผสมผสานและสมบูรณ์สำหรับประชากรหลายสายพันธุ์ ในกรณีที่มีสายเลือดเหมือนในนิวเคลียสสายพันธุ์ที่มีส่วนช่วยแต่ละสายพันธุ์มีสัตว์ที่เก่าแก่ที่สุดของตัวเองและถือว่าไม่เกี่ยวข้องกับสัตว์ที่เก่าแก่ที่สุดจากประชากรพันธุ์แท้อื่น ๆ
ในสถานการณ์นี้ metafounders ถูกใช้เพื่อสร้างความสัมพันธ์ระหว่างสัตว์ที่เก่าแก่ที่สุดทั้งหมดจากสายพันธุ์ต่างๆดังนั้นการเชื่อมโยงชุดข้อมูลจากสายพันธุ์ต่างๆเข้าด้วยกัน ข้อมูลจีโนมใช้ในการประมาณความสัมพันธ์เหล่านี้สำหรับข้อมูลลูกผสมทางการค้าดังนั้นจึงเชื่อมต่อ metafounders และแหล่งข้อมูลทั้งหมดเข้าด้วยกัน
ดังตัวอย่างตารางที่ 1 แสดงการตั้งค่าสายเลือดสำหรับสุกร 11 ตัวที่ดึงมาจากทุกระดับการผลิต สาม metafounders แต่ละตัวสำหรับ Landrace (AF-L), Yorkshire (AF-Y) และ Duroc (AF-D) ถูกสร้างขึ้นเพื่อเชื่อมโยงทั้งสามสายพันธุ์ บุคคลที่ 1-6 เป็นตัวแทนของผู้ก่อตั้งพันธุ์แท้ของสายพันธุ์ Landrace, Yorkshire และ Duroc และสันนิษฐานว่ามีต้นกำเนิดมาจาก metafounders แต่ละตัว ส่วน 7-9 หมายถึงสุกรพันธุ์แท้ทั้งหมดที่เกิดและเติบโตในนิวเคลียส แต่ละตัว 10 เป็นตัวแทนของสุกรลูกผสม F1 (LY) ของมารดาทั้งหมดที่ระดับตัวคูณในขณะที่แต่ละตัว 11 หมายถึงเทอร์มินัลครอสสามทาง (D (LY)) ในระดับการค้า
การสร้างสายเลือดที่สมบูรณ์ด้วยวิธีนี้ช่วยให้มั่นใจได้ว่าข้อมูลทั้งหมดที่ออกมาจากระบบการผลิตต่างๆจะเชื่อมโยงกันและใช้เพื่อวัตถุประสงค์ในการประเมินทางพันธุกรรม ข้อแม้ของความพยายามนี้คือต้นทุนพิเศษที่เกี่ยวข้องกับการผสมพันธุ์สัตว์ในทุกระดับการผลิตเพื่อให้สามารถสร้างความสัมพันธ์ที่ดีและสมบูรณ์ได้
ผลกระทบของ metafounders ต่อการทำนายมูลค่าการผสมพันธุ์
นอกเหนือจากผลกระทบที่ชัดเจนของการประเมินผลทางพันธุกรรมโดยใช้ชุดข้อมูลขนาดใหญ่จากทุกระดับของอุตสาหกรรมผลการวิจัยในช่วงต้น (Xiang et al. J Anim Sci 2017 เม.ย. 95 (4): 1472-1480 doi: 10.2527 / jas.2016.1155 ; van Grevenhof et al. J. Anim. วิทย์. 2019.97: 548–558, doi: 10.1093 / jas / sky433) ได้แสดง:
- ปรับปรุงความแม่นยำของค่าการผสมพันธุ์และการปรับปรุงอัตราการเพิ่มทางพันธุกรรม
- การปรับปรุงอันดับของผู้ได้รับการคัดเลือก
- การผสมพันธุ์ลดลง
ทีมวิจัยและพัฒนา Genesus กำลังทำการวิจัยและทบทวนระบบการประเมินทางพันธุกรรมอย่างต่อเนื่องและในปัจจุบันได้รับจีโนไทป์และฟีโนไทป์จากทุกระดับการผลิตเพื่อใช้การประเมินจีโนมพันธุ์แท้ - ผสมข้ามพันธุ์สำหรับสัตว์ในนิวเคลียสทั้งหมด ความพยายามนี้จะช่วยให้มั่นใจได้ว่า Genesus Inc. ยังคงดำรงตำแหน่งผู้นำในการปรับปรุงคุณสมบัติทางพันธุกรรมของพันธุ์พืช Genesus เพื่อตอบสนองความต้องการของลูกค้าทั้งหมด
จัดหมวดหมู่: ข่าวเด่น, Global Tech
โพสต์นี้เขียนขึ้นโดย Genesus