尼克Boddicker博士
基因组学已经成为任何严重的猪遗传学公司的司空见惯，用于改善遗传增益，直接影响到客户的盈利能力。 基因型信息是基因组学和基因组选择的基础。 使用读取预定标记或单核苷酸多态性（SNP）的特殊“芯片”进行基因分型。 右边是市售SNP面板的两个例子。 这些面板都具有同时基因分型96（图1）或24（图2）动物数万个SNP的能力，称为高通量基因分型。 本文将讨论高通量基因分型的基础知识及其设计对最终用户即遗传学公司的结果至关重要。
基因分型的第一部分是从动物采集样品并提取DNA。 常见的样品类型包括组织（尾巴，耳朵凹陷），头发（必须有卵泡）和血液。 不管样品类型，它必须足够大以提取足够量的DNA以成功地对动物进行基因分型。
SNP面板设计的两个方面影响到最终用户的结果，这些是SNP跨基因组和SNP密度的间隔。 密度是指面板上的SNP数量，其范围从市售面板上的几千到十几千。 最常用的SNP数目在650和50,000 SNP之间。 面板上的标记数是否为65,000或3,000，标记需要在整个基因组中均匀分布，以增强基因组评估。 SNP小组中几乎所有的标记物都不是实际的基因，因此不直接影响感兴趣的性状，而是与基因有关。 如果标记间隔太小，它们可能会识别基因对特定性状的相同影响，这是多余的。 如果标记之间的距离太远，则用户可能不会识别给定基因对感兴趣的性状的影响，因为两个标记物都不足以与所关注的基因“连接”。 因此，面板密度越小，标记必须跨越整个基因组越远。
最后，SNP的质量很重要。 每个SNP具有称为等位基因（例如A和B）的两个“状态”，并且等位基因可以形成三种不同的组合（AA，AB和BB），其被称为SNP的基因型。 当计算机分析SNP面板时，SNP的每个等位基因被独立地量化并表示为“强度”值。 当两组强度值对于一组动物相互绘制时，应存在不同的分组。 这些分组是基因型。 以下是使用949 Genesus动物的具有良好质量的SNP的实例。 在这种情况下，水平分组（蓝色）是基因型AA，垂直分组（绿色）为BB，对角线分组（红色）具有每个等位基因或AB中的一个。
近年来，新技术使最终用户能够“定制”SNP面板。 除了面板上的标准SNP之外，SNP面板的定制允许最终用户包括与其人群相关的SNP。 多年来，Genesus已经对成千上万的动物进行了基因分型，并确定了其种群中重要的SNP。 Genesus最近与一家基因分型公司合作，将这些SNP纳入定制的面板，将用于我们的基因组评估。 这些定制的SNP与关键的经济性状相关联，如饲料摄入量，生长量，母猪泌乳效率，肉质量和人群健康，如PRRS和PCV2弹性。 这个包含55,000 SNP的定制面板将提高Genesus客户的遗传增益率，最终提高盈利能力。
这篇文章是由Genesus写的