Metafounders：猪遗传评估的未来

Eversusus Akanno博士，Genesus Inc.遗传学家

有核猪育种计划的育种目标是提高商品杂交猪的性能。但是，看似相同的性状（例如生长速率）可能在商业和核心畜群水平上表达不同，因此由于管理，生产环境等方面的差异，遗传上可能并不相同。

因此，在商业群中可能无法直接观察到细胞核中的遗传进展。因此，目前的研究工作集中在评估将商业数据纳入核遗传评估程序中以预测核动物繁殖性能的繁殖价值的可能性（Christensen等，Genet.Sel.Evol。（2015）47:98，doi： 10.1186 / s12711-015-0177-6）。这需要从细胞核到商业猪收集更多的谱系信息，以便可以跟踪商业猪和有核猪之间的遗传关系。

在乘数和商业水平上跟踪公母和大坝信息的传统方法可能会很昂贵，并且通常需要合作的商业研究小组，而这些研究小组本身可能并不能真正代表典型的商业小组。解决这个问题的一种方法是利用杂交和有核动物的基因组信息，在不同种群之间建立组合的遗传关系。使用此类数据进行基因组评估的一个重要问题是如何定义多个群体（例如纯种，F1（YL）杂种和3代（D（YL））杂种）的基本代内和之间的遗传关系。

什么是元创始人？

元创始人是一群个体，父母身份不明，被认为是最早的动物可能起源于祖先的创始人（Legarra等，Genetics，Vol。200，455-468，2015年10.1534月，doi：115.177014 / genetics.XNUMX）。基于某种相似性形式（例如遗传系，性别或年龄）创建一个元创始人组。它们被认为是相互关联的，并且它们之间的关系是从其所有后代的基因组关系得出的。

在基因评估中使用元创始人

计划使用来自各个生产水平的数据来进行纯种杂交杂交遗传评估，为为多个纯种种群建立组合和完整的关系提供了机会。如果有家谱，如在细胞核中，则每个有贡献的品种都有自己的最老的动物，并且假定它们与其他纯种种群的最老的动物无关。

在这种情况下，元创始人被用来在不同品种的所有最古老的动物之间建立关系，从而将不同品种的数据集链接在一起。基因组信息用于估计商业杂交数据的这些关系，从而将元创始人和所有数据源连接在一起。

例如，表1显示了从各个生产水平抽取的11头猪的系谱设置。分别创建了Landrace（AF-L），Yorkshire（AF-Y）和Duroc（AF-D）的三个元创始人来连接这三个品种。 1-6个人代表Landrace，Yorkshire和Duroc品种的纯种创建者，并假设其来自三个metafounder中的每一个。 7-9个人代表所有在核中出生和饲养的纯种猪。个体10代表乘数水平上的所有母体F1杂种猪（LY），而个体11代表商业水平上的三向末端杂交（D（LY））。

以这种方式创建完整的谱系可确保将来自各个生产系统的所有数据相互链接并用于基因评估。需要付出的努力是与在各个生产水平上进行动物基因分型相关的额外成本，以便能够建立良好而完整的关系。

元创始人对育种价值预测的影响

除了使用来自行业各个层面的大型数据集进行遗传评估的明显影响外，早期的研究结果也是如此（Xiang et al.J Anim Sci.2017 Apr; 95（4）：1472-1480。doi：10.2527 / jas.2016.1155 ; van Grevenhof等人，动物科学杂志，2019.97：548–558，doi：10.1093 / jas / sky433）显示：