Ключевые элементы генотипных панелей
Ник Боддиккер, доктор философии.
Genomics стала обычным явлением для любой серьезной компании-генетики свиней, и она используется для улучшения генетической выгоды, которая напрямую влияет на прибыльность для клиента. Информация о генотипе является основой геномики и геномного отбора. Генотипирование осуществляется с использованием специальных «чипов», которые считывают заданные маркеры или одиночные нуклеотидные полиморфизмы (SNP). Справа - два примера коммерчески доступных панелей SNP. Обе эти панели имеют возможность генерировать генотип 96 (рис. 1) или 24 (рис. 2) животных для десятков тысяч SNP одновременно, известный как высокопроизводительный генотипирование. В этой статье мы обсудим основы высокопроизводительного генотипирования и то, как ее дизайн важен для конечных пользователей, то есть генетических компаний.
Первая часть генотипирования - это сбор пробы у животного и извлечение ДНК. Обычные типы образцов включают ткань (хвост, ушной надрез), волосы (должны иметь фолликул) и кровь. Независимо от типа образца, он должен быть достаточно большим для извлечения достаточного количества ДНК для успешного генотипа животного.
Два аспекта дизайна панели SNP влияют на результаты конечного пользователя, это интервалы SNP по плотности генома и SNP. Плотность относится к числу SNP на панели, которая колеблется от нескольких тысяч до 650 тысяч на коммерчески доступных панелях. Наиболее часто используемое количество SNP находится между 50,000 и SNN 65,000. Является ли количество маркеров на панели 3,000 или 650,000, маркеры должны быть равномерно распределены по всему геному, чтобы улучшить геномную оценку. Почти все маркеры на панели SNP не являются фактическим геном (-ами) и, следовательно, не влияют непосредственно на интересующий признак, но связаны с геном, который делает. Если маркеры расположены слишком близко друг от друга, они, скорее всего, идентифицируют тот же эффект гена по определенному признаку, который является избыточным. Если имеется слишком большое расстояние между маркерами, пользователь не может идентифицировать влияние данного гена на интересующий признак, потому что ни один из маркеров не является достаточно близким, чтобы быть «связанным» с представляющим интерес геном. Следовательно, чем меньше плотность панели, тем дальше маркеры должны быть охвачены весь геном.
Наконец, важно качество SNP. Каждый SNP имеет два «состояния», известные как аллели (например, A и B), и аллели могут образовывать три различные комбинации (AA, AB и BB), которые известны как генотип SNP. Когда компьютер анализирует панель SNP, каждый из аллелей SNP определяется количественно независимо и обозначается как значения интенсивности. Когда два значения интенсивности рисуются друг против друга для группы животных, должны присутствовать отдельные группы. Эти группировки являются генотипами. Ниже приведен пример SNP с хорошим качеством с использованием животных 949 Genesus. В этом случае горизонтальная группировка (синий) представляет собой генотип АА, вертикальная группировка (зеленая) равна ВВ, а диагональная группировка (красная) имеет один из каждого из аллелей или АВ.
В последние годы новая технология позволила конечному пользователю «настроить» панели SNP. Настройка панели SNP позволяет конечным пользователям включать SNP, которые имеют отношение к их популяциям, в дополнение к стандартным SNP на панели. На протяжении многих лет Genesus генотипировал десятки тысяч животных и определил SNP, которые важны в его популяциях. Недавно Genesus работала с компанией по генотипированию, чтобы включить эти SNP в индивидуальную панель, которая будет использоваться в нашей геномной оценке. Эти настроенные SNP связаны с основными экономическими особенностями, такими как потребление корма, рост, эффективность лактации свиноматок, качество мяса и здоровье населения, такие как PRRS и устойчивость к PCV2. Эта настраиваемая панель, включающая SNP 55,000, увеличит скорость генетической выгоды и в конечном итоге повысит рентабельность для клиентов Genesus.
В категории: Популярные новости, Глобальная технология
Этот пост был написан Genesus