Big Data
Von Nick Boddicker, Ph.D. Genetiker
Die Datenerhebung und -interpretation ist ein wichtiger Bestandteil eines Schweinegenetik-Zuchtprogramms. Ohne Daten und deren Interpretation kann kein genetischer Fortschritt erzielt werden. Mit der Weiterentwicklung der Technologie entsteht die Fähigkeit, neue Daten zu sammeln, und ein erfolgreiches Zuchtunternehmen wird diese neuen Technologien nutzen. Darüber hinaus sinken mit der technologischen Entwicklung die Kosten der Technologie. Beispielsweise betrugen die Kosten pro Gigabyte Speicher in 1980 ~ $ 500,000. Heute sind diese Kosten weniger als $ 0.03 (https://www.backblaze.com/blog/hard-drive-cost-per-gigabyte/). Dies ist eine enorme Kosteneinsparung, da immer mehr Daten gesammelt werden.In der Genetik von Schweinen gab es Wellen der Datensammlung. Die grundlegende Datenerfassung umfasst das Gewicht, die Gesamtzahl der Geburten, die Anzahl der Lebendgeborenen, die Anzahl der entwöhnten Tiere, das Intervall für die Entwöhnung, die Anzahl der Saugnäpfe usw. Dies sind Eigenschaften, die keine hoch entwickelte Technologie erfordern. Ultraschallrückfettung, Lendentiefe und intramuskuläres Fett werden jetzt aufgrund von Fortschritten in der Ultraschalltechnologie gesammelt.
Im Laufe der Jahre haben sich Fortschritte in der Schlachtkörper- und Fleischqualität ergeben, einschließlich Ausrüstung zur objektiven Messung von pH-Wert, Marmorierung, Farbe und Zartheit. Alle diese Eigenschaften sind wichtig für die Qualität des Essens. Genesus verfügt über 820,000-Korpus- und Fleischqualitätsmessungen, die seit 1998 gesammelt wurden, und diese Zahl wächst weiter.
Ein weiterer großer Datengenerator in der Schweineindustrie ist die individuelle Futteraufnahme und -verhalten. Es gibt eine Reihe von Systemen, die jedes Futteraufnahmeereignis während der Wachstumsphase der Produktion erfassen. Bis heute hat Genesus über 43 Millionen individuelle Futteraufnahme Datensätze während der Fertigstellung. Darüber hinaus wurde eine Technologie entwickelt, um die Futteraufnahme während der Trächtigkeit oder Laktation zu messen. Genesus sammelt die Laktations-Futteraufnahme als eine Komponente, die für die Laktationseffizienz von Bedeutung ist und hat derzeit über 21 Millionen Futteraufnahme-Aufzeichnungen.
Der neueste und größte Datengenerator ist die Genotypinformation, die für die genomische Selektion verwendet wird. Jedes genotypisierte Tier erhält ~ 55,000-Datenpunkte. Wenn 500-Tiere jede Woche genotypisiert würden, würde dies jede Woche über 27 Millionen Datenpunkte oder über 1.4 Milliarden pro Jahr liegen. Dateien mit so vielen Daten können nicht mit typischer Software auf Computern geöffnet oder verarbeitet werden, und daher muss eine spezielle Programmierung durch die Züchtungsfirma entwickelt werden, um diese Informationen zu nutzen.
Daten waren schon immer ein integraler Bestandteil eines genetischen Programms und die Menge der gesammelten Daten nimmt exponentiell zu. Wenn sich die Technologie weiterentwickelt und erschwinglich wird, werden neue Messungen und Daten gesammelt. Es gibt einige Bereiche, die in der Zukunft expandieren werden und große Datenmengen erzeugen werden, darunter Epigenetik (Untersuchung der vererbbaren Genexpression), Proteomik (Untersuchung von Proteinvarianten) und Phänotypisierung in großem Maßstab. Ein Beispiel für ein großangelegtes Phänotypisierungsprogramm wäre ein kleines Ohrimplantat, das Körpertemperaturdaten während des gesamten Tages eines Schweins sammelt. Diese Daten könnten verwendet werden, um festzustellen, wann ein Schwein krank wurde, oder um Informationen über den Energieverbrauch oder die Brunsterkennung für die Zucht zu erhalten. Ein anderes Beispiel sind Videoaufnahmen von Schweinen in einem Stall zur Überwachung von Aktivität und Verhalten, die mit Energieaufwand und -effizienz in Zusammenhang stehen können. Die meisten von uns wissen, wie viel Speicherplatz ein 1-Minuten-Videoclip auf unseren Smartphones verbraucht. Stellen Sie sich die Menge vor, die beim Filmen von 24 / 7 mit mehreren Überwachungssystemen in mehreren Farmen generiert wird.
Ein erfolgreiches Zuchtunternehmen wird eine aktive Rolle spielen, wenn es darum geht, mit technologischen Fortschritten Schritt zu halten und neue Technologien in seinen Zuchtprogrammen einzusetzen. Genesus war schon immer aggressiv bei der Verbesserung seines Zuchtprogramms durch den Einsatz neuer und verbesserter Technologien, um die genetische Verbesserung zu verbessern. Diese Investitionen kommen letztlich den Herstellern zugute, die die Genesis-Genetik nutzen.
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Dieser Beitrag wurde von Genesus geschrieben