Nick Boddicker、Ph.D.
ゲノミクスは真剣なブタの遺伝学の会社にとっては一般的なものとなり、遺伝的利益を向上させるために使用され、これは顧客の収益性に直接影響を与えます。 遺伝子型情報は、ゲノミクスおよびゲノム選択の基礎である。 遺伝子型決定は、所定のマーカーまたは一塩基多型（SNP）を読み取る特別な「チップ」を用いて行われる。 右側には市販のSNPパネルの2つの例があります。 これらのパネルは両方とも、ハイスループットジェノタイピングと呼ばれる数万種類のSNPの96（図1）または24（図2）動物を同時に遺伝子解析する能力を持っています。 この記事では、ハイスループットの遺伝子タイピングの基礎とその設計がエンドユーザーの結果、すなわち遺伝学的な企業にとってどのように重要であるかについて説明します。
ジェノタイピングの最初の部分は、動物からサンプルを収集し、DNAを抽出することです。 一般的なサンプルタイプには、組織（尾、耳ノッチ）、髪（卵胞が必要）、血液が含まれます。 サンプルの種類にかかわらず、動物を正常に遺伝子型決定するのに十分な量のDNAを抽出するのに十分な大きさでなければならない。
SNPパネル設計の2つの側面はエンドユーザーに結果に影響を及ぼし、これらはゲノムおよびSNP密度にわたるSNPの間隔である。 密度はパネル上のSNPの数を示し、数千から市販のパネル上の650千に及ぶ。 最も一般的に使用されるSNPの数は、50,000と65,000の間のSNPです。 パネル上のマーカーの数が3,000または650,000であっても、ゲノム評価を向上させるために、マーカーはゲノム全体にわたって均等に配置する必要があります。 SNPパネル上のほとんどすべてのマーカーは、実際の遺伝子ではなく、したがって興味のある形質に直接影響を与えないが、その遺伝子と関連している。 マーカーが狭すぎると、特定の形質に重複する遺伝子と同じ効果を確認する可能性が高くなります。 マーカ間の距離があまりにも大きい場合、ユーザは関心のある遺伝子に「リンク」するほど近くにないので、関心のある形質に対する所与の遺伝子の効果を特定することができない。 したがって、パネルの密度が小さいほど、マーカーは、ゲノム全体に及ぶ必要があります。
最後に、SNPの品質が重要です。 各SNPは対立遺伝子（例えばAおよびB）として知られる2つの「状態」を有し、対立遺伝子はSNPの遺伝子型として知られている3つの異なる組み合わせ（AA、ABおよびBB）を形成することができる。 コンピュータがSNPパネルを分析するとき、SNPの各対立遺伝子は独立して定量化され、「強度」値として示される。 動物のグループについて2つの強度値を互いにプロットすると、明確なグループ分けが存在するはずである。 これらのグループは遺伝子型です。 以下は、949 Genesus動物を使用した良質のSNPの例です。 この場合、水平グループ（青）は遺伝子型AA、垂直グループ（緑）はBB、対角線グループ（赤）は各対立遺伝子の1つ、すなわちABを有する。
近年、新しい技術により、エンドユーザはSNPパネルを「カスタマイズ」することができます。 SNPパネルのカスタマイズにより、エンドユーザーはパネル上の標準SNPに加えて、集団に関連するSNPを含めることができます。 長年にわたって、Genesusは数万の動物を遺伝子型同定し、その個体群で重要なSNPを同定しました。 ジェネシスは、最近、ジェノタイピング会社と協力して、これらのSNPをゲノム評価に使用されるカスタマイズパネルに組み込んでいます。 これらのカスタマイズされたSNPは、飼料摂取量、成長率、授乳期の授乳効率、肉質およびPRRSおよびPCV2レジリエンスなどの人口健康のような重要な経済特性と関連している。 55,000 SNPを含むカスタマイズされたパネルは、Genesusの顧客の遺伝的利益率を高め、最終的に収益性を向上させます。
この投稿はGenesusによって作成されました