Précision de la prédiction
Dinesh Thekkoot, PhD
Université de l'Alberta et Genesus Inc.
Le but de l'élevage est d'améliorer génétiquement les populations. En d'autres termes, la prochaine génération devrait être supérieure à la génération actuelle. Le défi est d'identifier les meilleurs animaux pour être les parents de la prochaine génération. Pour identifier un futur parent, nous devons connaître sa véritable valeur génétique (génétique) (TBV). Dans la vraie vie, il est impossible d'observer le TBV d'un animal. Ainsi, nous utilisons une estimation du TBV appelée valeur de reproduction estimée (VEB). Les parents de la prochaine génération sont sélectionnés en fonction de leur EBV.
Une question importante est la précision d'une estimation de l'EBV du TBV? La précision de l'EBV est définie comme la corrélation entre les valeurs de reproduction vraies et estimées. Cette corrélation donne une idée de la proximité entre l'EBV et le TBV. La précision de l'EBV peut aller de 0 (une estimation inexacte) à 1 (l'EBV étant une estimation parfaite du TBV). Plus la précision de l'EBV est élevée, plus le risque de sélectionner des animaux à faible TBV comme parents est faible. La précision de l'EBV influence également le gain génétique d'un programme de sélection. Le gain génétique dans un programme de sélection est proportionnel à la précision de l'EBV. Plus la précision de l'EBV est élevée sans changement d'autres facteurs, plus le gain génétique de la sélection sera important.
Le gain génétique par an est calculé à l'aide de la formule
Où est le gain génétique par an, est l'intensité de la sélection, est la précision EBV, est l'écart-type génétique additif du caractère sélectionné et est l'intervalle de génération exprimé en années. Dans la plupart des programmes d'élevage porcin, l'intensité de la sélection et l'intervalle de génération sont proches d'être optimisés sans avoir d'effet négatif sur la variation génétique. Par conséquent, pour toute augmentation supplémentaire de nous devons introduire des méthodes qui peuvent augmenter la précision de l'EBV.
La précision de l'EBV dépend de plusieurs facteurs tels que l'héritabilité du caractère, la quantité et la qualité des informations disponibles sur le candidat et les parents, les relations génétiques entre tous les animaux, etc. En général, plus la quantité d'informations disponibles est élevée, plus sera la précision EBV.
Précisions EBV en utilisant différentes méthodes
- Meilleure prédiction linéaire sans biais (BLUP) modèle animal. Cette méthode est utilisée dans la plupart des programmes génétiques aujourd'hui et utilise toutes les informations disponibles pour calculer les EBV. Les EBV sont estimés en utilisant des phénotypes sur les candidats de sélection et les parents ainsi que les relations de pedigree. Avec la prédiction, les modèles animaux BLUP corrigent simultanément les phénotypes pour les effets environnementaux systématiques. Par exemple, cette méthode prend en compte les animaux génétiquement apparentés dans différentes fermes tout en estimant les EBV. C'est la méthode la plus précise pour prédire les EBV en utilisant à la fois les pedigree et les phénotypes.
- Sélection génomique (GS). Les jeunes animaux qui n'ont pas leur propre phénotype auront une précision EBV faible en utilisant les méthodes du modèle animal BLUP. Selon le caractère, il peut prendre un temps considérable pour obtenir un phénotype propre ou certains animaux peuvent ne jamais avoir un phénotype propre. Par exemple, il faut environ 12 mois pour obtenir des informations sur les déchets sauvages et les animaux sélectionnés comme parents ne recevront jamais de phénotypes de carcasse et de qualité de la viande. Par conséquent, il serait bon si nous pouvons augmenter les précisions EBV pour ces types de traits. La prédiction génomique est une méthode récemment développée pour résoudre ce problème. Il prédit les EBV en utilisant l'information de marqueur moléculaire avec précision, sans avoir besoin de son propre phénotype. Des études ont été menées à Genesus et ailleurs, pour estimer les précisions en utilisant GS. Les résultats montrent que pour un grand nombre de caractéristiques, les précisions de GS sont plus élevées que les méthodes BLUP basées sur les phénotypes et les informations de pedigree.
- La combinaison d'informations génomiques, phénotypiques et pédigrées peut entraîner des précisions plus élevées que la GS. BLUP génomique en une étape (SSBLUP) est la méthode qui combine ces trois sources d'information. Actuellement, cette méthode fournit les précisions EBV les plus élevées pour les jeunes animaux. Des études menées chez Genesus ont montré que les précisions EBV SSBLUP étaient environ 30-50% plus élevées que les EBV basées sur BLUP. Une plus grande précision de la prévision signifie un plus grand changement génétique par an.
Exactitude des EBV et changement génétique attendu à la sélection pour certains caractères en utilisant deux méthodes différentes
Traits | Écart-type génétique | BLUP | SSBLUP | ||
La précision | Changement génétique / année* | La précision | Changement génétique / année* | ||
Total né | 1.15 | 0.31 | 0.63 | 0.42 | 0.85 |
Semer la graisse à la mise bas (mm) | 2.49 | 0.36 | 1.57 | 0.53 | 2.32 |
Semer le poids du corps à la mise bas (kg) | 8.61 | 0.32 | 4.84 | 0.40 | 6.04 |
*En supposant une proportion de sélection de 10% et l'intervalle de génération de l'année 1 pour tous les caractères et pour les deux méthodes
Comme on peut le voir dans le tableau ci-dessus, la précision de l'EBV et le changement génétique qui en résulte par année ont augmenté en ajoutant des informations génomiques (BLUP par rapport à SSBLUP) pour les trois caractères. Il est clair que l'impact de l'information génomique sur le changement génétique par année est significatif. Chez Genesus, nous produisons les EBV les plus précis pour nos candidats à la sélection. Nous avons beaucoup investi pour recueillir des informations précises et à jour sur tous les caractères de croissance, d'efficacité, de reproduction, de carcasse et de qualité de la viande, pour tous les animaux de notre noyau, multiplicateurs et troupeaux de production. Ces données de haute qualité ainsi que des informations génomiques nous aident à estimer les EBV les plus précis possibles, en assurant la réponse génétique la plus élevée et la rentabilité maximale pour les clients de Genesus.
Catégorisé dans: DERNIÈRES NOUVELLES, Tech mondial
Cette publication a été écrite par Genesus