Les éléments clés des panneaux de génotypes
Nick Boddicker, Ph.D.
La génomique est devenue courante pour toute entreprise de génétique de porc grave et elle est utilisée pour améliorer le gain génétique, ce qui affecte directement la rentabilité pour le client. L'information génotypique est le fondement de la génomique et de la sélection génomique. Le génotypage s'effectue à l'aide de «jetons» spéciaux qui lisent des marqueurs prédéterminés ou des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP). À droite, deux exemples de panneaux SNP disponibles dans le commerce. Ces deux panneaux ont la possibilité de génotyper les animaux 96 (Figure 1) ou 24 (Figure 2) pour des dizaines de milliers de SNP simultanément, appelés génotypage à haut débit. Cet article traitera des bases du génotypage à haut débit et de la façon dont sa conception est importante pour les résultats de l'utilisateur final, à savoir les entreprises de génétique.
La première partie du génotypage consiste à collecter l'échantillon de l'animal et à extraire l'ADN. Les types d'échantillons communs comprennent les tissus (queue, entaille de l'oreille), les cheveux (doivent avoir le follicule) et le sang. Peu importe le type d'échantillon, il doit être suffisamment grand pour extraire des quantités suffisantes d'ADN pour génotyper un animal avec succès.
Deux aspects de la conception du panneau SNP influent sur les résultats pour l'utilisateur final, c'est l'espacement des SNP à travers le génome et la densité SNP. La densité se réfère au nombre de SNP sur le panneau, qui varie de quelques milliers à 650 mille sur les panneaux disponibles dans le commerce. Le nombre de SNP le plus utilisé est entre les SNP 50,000 et 65,000. Que le nombre de marqueurs sur le panneau soit 3,000 ou 650,000, les marqueurs doivent être uniformément espacés dans tout le génome pour améliorer l'évaluation génomique. Presque tous les marqueurs sur un panneau SNP ne sont pas le ou les gènes réels et n'influent pas directement sur le trait d'intérêt, mais sont liés à un gène qui le fait. Si les marqueurs sont trop étroitement espacés, ils identifieront probablement le même effet d'un gène sur un trait particulier, ce qui est redondant. S'il y a trop de distance entre les marqueurs, l'utilisateur peut ne pas identifier l'effet d'un gène donné sur le trait d'intérêt car aucun des marqueurs n'est suffisamment proche pour être «lié» au gène d'intérêt. Par conséquent, plus la densité du panneau est petite, plus les marqueurs doivent être destinés à couvrir l'ensemble du génome.
Enfin, la qualité des SNP est importante. Chaque SNP dispose de deux «états» connus sous le nom d'allèles (par exemple A et B) et les allèles peuvent former trois combinaisons différentes (AA, AB et BB), connues sous le nom de génotype du SNP. Lorsque l'ordinateur analyse le panneau SNP, chacun des allèles d'un SNP est quantifié indépendamment et désigné comme valeur "d'intensité". Lorsque les deux valeurs d'intensité sont tracées l'une contre l'autre pour un groupe d'animaux, des groupements distincts devraient être présents. Ces groupements sont les génotypes. Voici un exemple de SNP avec une bonne qualité utilisant des animaux 949 Genesus. Dans ce cas, le groupement horizontal (bleu) est le génotype AA, le groupement vertical (vert) est BB, et le groupe diagonal (rouge) possède l'un de chacun des allèles ou AB.
Au cours des dernières années, la nouvelle technologie a permis à l'utilisateur final de "personnaliser" les panneaux SNP. La personnalisation d'un panneau SNP permet à l'utilisateur final d'inclure des SNP qui sont pertinents pour leurs populations, en plus des SNP standard sur le panneau. Au fil des ans, Genesus a génotypé des dizaines de milliers d'animaux et a identifié des SNP importants dans ses populations. Genesus a récemment travaillé avec une société de génotypage pour intégrer ces SNP dans un panel personnalisé qui sera utilisé dans notre évaluation génomique. Ces SNP personnalisés sont associés à des traits économiques clés tels que l'apport alimentaire, la croissance, l'efficacité de la lactation de la truie, la qualité de la viande et la santé de la population, comme le PRRS et la résilience PCV2. Ce panneau personnalisé qui comprend les SNP 55,000 augmentera le taux de gain génétique et, finalement, augmentera la rentabilité des clients Genesus.
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Cette publication a été écrite par Genesus