Metafounders : 돼지 유전자 평가의 미래

Everestus Akanno, PhD., 유전 학자, Genesus Inc.

핵 돼지 사육 프로그램의 사육 목표는 상업용 교배 돼지의 성과를 향상시키는 것입니다. 그러나 동일한 형질 (예 : 성장률)로 보이는 것은 상업적 및 핵 무리 수준에서 다르게 표현 될 수 있으므로 관리, 생산 환경 등의 차이로 인해 유 전적으로 동일하지 않을 수 있습니다.

결과적으로 핵에서 달성 된 유전 적 진보는 상업적인 무리에서 직접 관찰되지 않을 수 있습니다. 따라서 현재의 연구 노력은 교배 성능에 대한 핵 동물의 번식 값을 예측하기 위해 상업적 데이터를 핵 유전 평가 프로그램에 통합 할 가능성을 평가하는 데 초점을 맞추고 있습니다 (Christensen et al. Genet. Sel. Evol. (2015) 47:98, doi : 10.1186 / s12711-015-0177-6). 이를 위해서는 상업용 돼지와 핵 돼지 간의 유전 적 관계를 추적 할 수 있도록 핵에서 상업용 돼지까지 추가 혈통 정보를 수집해야합니다.

승수 및 상업 수준에서 아비와 댐 정보를 추적하는 전통적인 접근 방식은 비용이 많이들 수 있으며 일반적으로 그 자체가 전형적인 상업 무리를 진정으로 대표하지 않을 수있는 협력적인 상업 연구 무리를 필요로합니다. 이 문제를 처리하는 한 가지 방법은 교배종과 핵 동물에 대한 게놈 정보를 활용하여 다양한 무리 수준에서 결합 된 유전 적 관계를 만드는 것입니다. 이러한 유형의 데이터를 사용하는 게놈 평가에 대한 중요한 질문은 여러 집단 (예 : 순종, F1 (YL) 교배종 및 3 방향 (D (YL)) 교배종)의 기본 세대 내에서 유전 적 관계를 정의하는 방법입니다.

메타 설립자는 무엇입니까?

Metafounders는 가장 오래된 동물이 유래했을 수있는 조상 설립자로 간주되는 부모를 알 수없는 개인 그룹입니다 (Legarra et al. Genetics, Vol. 200, 455–468 June 2015, doi : 10.1534 / genetics.115.177014). 메타 설립자 그룹은 유전 적 계통, 성별 또는 연령과 같은 어떤 형태의 유사성을 기반으로 만들어집니다. 그들은 그들 사이에 관련되어 있다고 간주되며 그들 사이의 관계는 모든 자손의 게놈 관계에서 파생됩니다.

유전 평가에 메타 창업자 사용

결합 된 순종-교배 유전자 평가를 수행하기 위해 모든 생산 수준의 데이터를 사용하려는 계획은 여러 혈통이있는 집단을위한 결합되고 완전한 관계를 개발할 수있는 기회를 열었습니다. 핵 에서처럼 혈통이있는 경우, 기여하는 각 품종은 자신의 가장 오래된 동물을 가지고 있으며 다른 순종 개체군의 가장 오래된 동물과 관련이 없다고 가정합니다.

이 시나리오에서 메타 파운더는 서로 다른 품종의 가장 오래된 모든 동물 간의 관계를 생성하는 데 사용되므로 다양한 품종의 데이터 세트를 함께 연결합니다. 게놈 정보는 상업적 교배 데이터에 대한 이러한 관계를 추정하는 데 사용되므로 메타 설립자와 모든 데이터 소스를 함께 연결합니다.

예를 들어, 표 1은 모든 생산 수준에서 가져온 11 마리의 돼지에 대한 혈통 설정을 보여줍니다. Landrace (AF-L), Yorkshire (AF-Y) 및 Duroc (AF-D)을위한 세 명의 메타 설립자가 세 가지 품종을 모두 연결하기 위해 만들어졌습니다. 개인 1-6은 Landrace, Yorkshire 및 Duroc 품종의 순종 설립자를 대표하며 7 명의 메타 설립자 각각에서 유래 한 것으로 간주됩니다. 개인 9-10는 핵에서 태어나고 자란 모든 순종 돼지를 나타냅니다. 개인 1은 승수 수준에서 모든 모계 F11 교배 된 돼지 (LY)를 나타내는 반면, 개인 XNUMX은 상업 수준에서 XNUMX 자 말단 교배 (D (LY))를 나타냅니다.

이러한 방식으로 완전한 혈통을 만들면 다양한 생산 시스템에서 나오는 모든 데이터가 서로 연결되어 유전자 평가 목적으로 사용됩니다. 이러한 노력에 대한주의 사항은 모든 생산 수준에서 동물을 유전형으로 분류하여 양호하고 완전한 관계를 설정할 수있는 추가 비용입니다.

육종 가치 예측에 대한 메타 창업자의 영향

업계의 모든 수준의 대규모 데이터 세트를 사용하여 유전자 평가를 수행하는 것의 명백한 영향 외에도 초기 연구 결과 (Xiang et al. J Anim Sci. 2017 Apr; 95 (4) : 1472-1480. doi : 10.2527 / jas.2016.1155) ; van Grevenhof et al. J. Anim. Sci. 2019.97 : 548–558, doi : 10.1093 / jas / sky433)는 다음과 같이 표시했습니다.

번식 가치의 정확성이 향상되고 유전 적 획득 률이 향상됩니다.
선발 후보자 순위 개선.
근친 교배를 줄입니다.

Genesus 연구 개발팀은 유전자 평가 시스템을 지속적으로 연구 및 검토하고 있으며 현재 모든 핵 동물에 대한 게놈 순종 교배 평가를 구현하기 위해 모든 생산 수준에서 유전자형 및 표현형을 획득하고 있습니다. 이러한 노력은 Genesus Inc.가 모든 고객의 요구를 충족시키기 위해 Genesus 육종 재고의 유전 적 장점을 개선하는 데있어 선두적인 위치를 차지할 수 있도록 보장합니다.