Kluczowe elementy paneli genotypowych
Nick Boddicker, Ph.D.
Genomika stała się powszechna dla każdej poważnej firmy zajmującej się genetyką świń i służy do poprawy wzmocnienia genetycznego, co bezpośrednio wpływa na rentowność dla klienta. Informacje genotypowe są podstawą genomiki i selekcji genomu. Genotypowanie przeprowadza się za pomocą specjalnych "chipów", które odczytują określone markery lub polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP). Po prawej znajdują się dwa przykłady dostępnych na rynku paneli SNP. Oba te panele mają zdolność do genotypowania zwierząt 96 (rysunek 1) lub 24 (rysunek 2) dla dziesiątek tysięcy SNP jednocześnie, znanych jako wysokoprzepustowe genotypowanie. W tym artykule omówione zostaną podstawy wysokoprzepustowego genotypowania oraz sposób, w jaki jego projekt jest ważny dla wyników końcowego użytkownika, tj. Firm genetyki.
Pierwszą częścią genotypowania jest pobranie próbki od zwierzęcia i ekstrakcja DNA. Typowe typy próbek obejmują tkankę (ogon, nacięcie w uchu), włosy (musi zawierać mieszek włosowy) i krew. Bez względu na typ próbki, musi ona być wystarczająco duża, aby wydobyć wystarczającą ilość DNA w celu pomyślnego genotypowania zwierzęcia.
Dwa aspekty projektowania paneli SNP wpływają na wyniki dla końcowego użytkownika, są to odstępy między SNP a genomem i gęstością SNP. Gęstość odnosi się do liczby SNP na panelu, która wynosi od kilku tysięcy do 650 tysięcy na dostępnych w sprzedaży panelach. Najczęściej używana liczba SNP jest między SNP 50,000 i 65,000. Niezależnie od tego, czy liczba markerów na panelu to 3,000 czy 650,000, markery muszą być równomiernie rozmieszczone w całym genomie, aby poprawić ocenę genomu. Prawie wszystkie markery na panelu SNP nie są faktycznym genem (genami), a zatem nie wpływają bezpośrednio na interesującą nas cechę, ale są związane z genem, który je posiada. Jeśli markery są zbyt blisko siebie, prawdopodobnie zidentyfikują ten sam efekt genu dla danej cechy, która jest zbędna. Jeżeli istnieje zbyt duża odległość pomiędzy markerami, użytkownik może nie zidentyfikować wpływu danego genu na cechę będącą przedmiotem zainteresowania, ponieważ żaden z markerów nie jest wystarczająco blisko, aby być "połączonym" z genem będącym przedmiotem zainteresowania. Dlatego im mniejsza jest gęstość panelu, tym dalej markery muszą obejmować cały genom.
Wreszcie ważna jest jakość SNP. Każdy SNP ma dwa "stany" zwane allelami (np. A i B), a allele mogą tworzyć trzy różne kombinacje (AA, AB i BB), które są znane jako genotyp SNP. Gdy komputer analizuje panel SNP, każdy z alleli SNP jest określany ilościowo niezależnie i oznaczany jako wartości "intensywności". Kiedy dwie wartości intensywności są narysowane względem siebie dla grupy zwierząt, powinny być obecne wyraźne grupy. Te grupy są genotypami. Poniżej znajduje się przykład SNP o dobrej jakości przy użyciu zwierząt 949 Genesus. W tym przypadku grupa pozioma (niebieska) to genotyp AA, grupa pionowa (zielona) to BB, a grupa diagonalna (czerwona) ma po jednym z każdego z alleli lub AB.
W ostatnich latach nowa technologia pozwoliła użytkownikowi końcowemu "dostosować" panele SNP. Dostosowanie panelu SNP umożliwia użytkownikowi końcowemu uwzględnienie SNP, które są odpowiednie dla ich populacji, oprócz standardowych SNP na panelu. Z biegiem lat Genesus genotypował dziesiątki tysięcy zwierząt i zidentyfikował SNP, które są ważne w swoich populacjach. Genesus współpracował ostatnio z firmą genotypującą, aby włączyć te SNP do spersonalizowanego panelu, który będzie używany w naszej ocenie genomu. Te dostosowane SNP są powiązane z kluczowymi cechami ekonomicznymi, takimi jak spożycie paszy, wzrost, wydajność laktacji loch, jakość mięsa i zdrowie populacji, takie jak odporność na PRRS i PCV2. Ten spersonalizowany panel, który obejmuje SNP 55,000, zwiększy współczynnik przyrostu genetycznego i ostatecznie zwiększy zysk dla klientów Genesus.
Kategorie: Ciekawa Aktualności, Global Tech
Ten wpis został napisany przez Genesusa