เครื่องมือจีโนมอื่น ๆ เพื่อปรับปรุงขนาดครอก
Dr. Chunyan Zhang, Phd, Genetician Genesus Inc.
ขนาดครอกเป็นปัจจัยที่สำคัญมากในการกำหนดความสามารถในการทำนา ข้อ จำกัด ที่สำคัญในการเพิ่มขนาดครอกคือการสูญเสียตัวอ่อนที่เกิดขึ้นในช่วงสัปดาห์ที่ 2 ถึง 3rd ของการตั้งครรภ์ (Geisert และ Schmitt, 2002, J Anim Sci.80, E54-E65)
ปัจจัยหลายประการอาจส่งผลต่อการสูญเสียนี้และสาเหตุหนึ่งที่เป็นไปได้ของอัตราการตายของตัวอ่อนในระยะเริ่มต้นคือการมีอัลลีลที่เป็นอันตรายบางชนิด (ยีนที่แตกต่างกัน) สำหรับยีนที่จำเป็นซึ่งจะนำไปสู่การเสียชีวิตของทารกในครรภ์ไม่นานหลังจากที่หญิงตั้งครรภ์ ความถี่ของอัลลีลที่เป็นอันตรายเหล่านี้อาจลดลงในประชากรหลังจากเลือกระยะยาวสำหรับขนาดครอกขนาดใหญ่เช่นในสายพันธุ์ของมารดา อย่างไรก็ตามในสายพันธุ์ที่ไม่ได้รับเลือกให้มีขนาดครอกเพิ่มขึ้น (เช่น Duroc) อัลลีลที่เป็นอันตรายเหล่านี้อาจถูกละเลย (หรือซ่อนอยู่) และมีความถี่สูงกว่าเมื่อเทียบกับประชากรที่เลือก
มักเป็นอัลลีลที่เป็นอันตรายเหล่านี้ทำให้ทารกในครรภ์ตายเมื่ออยู่ในสถานะ homozygous (เรียกว่า recessive ซึ่งเป็นสำเนาที่เป็นอันตรายจากผู้ปกครองแต่ละรายเช่น aa) เมื่อพวกเขาอยู่ในสถานะ heterozygous (alleles ที่สืบทอดมาจากเขื่อนและพ่อพันธุ์แม่พันธุ์จะแตกต่างกันเช่น Aa) แต่ละคนจะมีชีวิตอยู่และเป็น phenotypically ปกติ สัตว์ชนิดนี้เป็นที่รู้จักกันในชื่อผู้ให้บริการเป็นเรื่องยากมากที่จะระบุและสามารถแพร่กระจายอัลลีลที่เป็นอันตรายต่อประชากรได้
เทคโนโลยีจีโนมนี้เป็นวิธีการที่ทันสมัยที่สุดในการตรวจหาอัลลีลที่เป็นอันตรายดังกล่าวซึ่งคาดว่าจะพบได้บ่อยในประชากรที่ไม่ได้รับการคัดเลือก แต่ไม่เคยเกิดขึ้นในสถานะ homozygote ที่ถอยในสัตว์ที่มีชีวิต วิธีนี้ต้องการเฉพาะข้อมูลเกี่ยวกับจีโนไทป์สำหรับบุคคลปกติที่มีลักษณะเป็น phenotypically (เช่นอยู่) เพื่อตรวจหาอัลลีลที่เป็นอันตรายผ่านการวิเคราะห์ทางสถิติ วิธีนี้ถูกนำมาใช้ครั้งแรกในโคนมและตรวจพบอัลลีลที่เกี่ยวข้องกับความบกพร่องด้านการเจริญพันธุ์ (VanRaden et al., 2011, J Dairy Sci. 94, 6153-6161) จากการศึกษาล่าสุดพบว่ามีหมูน้อยและลูกสุกรที่ยังไม่ตายในแม่สุกรและ / หรือสายพันธุ์อื่น ๆ 2017, GSE 134, 129 Derks และคณะ, 135, BMC Genomics 2017, 49)
ในฐานข้อมูลจีโนมของ Genesus เรามีสุกรหลายพันตัวที่มีข้อมูลจีโนไทป์ที่ให้ข้อมูล (60K, 80K, 650K และลำดับแบบกว้าง) ซึ่งช่วยให้เราสามารถค้นหาอัลลีลที่อาจเป็นอันตรายเหล่านี้ที่เกี่ยวข้องกับขนาดครอกและประเมินผลต่อความอุดมสมบูรณ์ของหมูป่าผ่านทางเรา ฟีโนไทป์ชุดใหญ่ ความพยายามครั้งแรกของเรามุ่งเน้นไปที่หมูป่า Duroc โดยใช้จีโนไทป์ 650K SNP พบว่าหลายภูมิภาคของจีโนมอาจมีอัลลีลที่เป็นอันตรายอยู่ ตัวอย่างเช่นสำหรับ SNP ที่มีนัยสำคัญที่สุดเราคาดการณ์ว่าควรมี 45 บุคคลที่ถอยกลับ homozygous (aa) แต่ไม่มีใครสังเกตเห็น ภูมิภาคที่มี SNP นี้มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญกับทารกในครรภ์ที่ตายซาก (P <0.001)
เมื่อเทียบกับรายงานก่อนหน้าในหมู (ดูด้านบน) ภูมิภาคจีโนมที่ระบุมีลักษณะคล้ายคลึงกันหรือมีเฉพาะป๊อปที่เฉพาะเจาะจงถึงแม้ว่าเราจะเห็นบริเวณไม่กี่แห่งที่อาจทับซ้อนกับผลการวิจัยก่อนหน้านี้
การค้นพบนี้เป็นข้อมูลที่มีค่าในการเพิ่มขนาดครอกในประชากร Genesus Duroc นี้จะนำไปสู่การไม่เพียง แต่ผลิตสุกรมากขึ้น แต่เพิ่มการปรับปรุงทางพันธุกรรมผ่านความเข้มเลือกสูง แนวทางสำหรับการลดความถี่ของอัลลีลที่เป็นอันตรายเหล่านี้รวมถึงการเลือกจีโนมิกและแผนการผสมพันธุ์ที่ใช้จีโนมิกโดยใช้ชิป SNP แบบกำหนดเองของ Genesus
การดำเนินงานวิจัยดังกล่าวจะมีส่วนอย่างมากต่อเป้าหมายของ Genesus ในการเพิ่มมูลค่าและความสามารถในการทำกำไรให้แก่ลูกค้าของ Genesus
จัดหมวดหมู่: ข่าวเด่น, Global Tech
โพสต์นี้เขียนขึ้นโดย Genesus