Ang Mga Pangunahing Sangkap ng Mga Panel ng Genotype
Nick Boddicker, Ph.D.
Ang mga genomics ay naging pangkaraniwan para sa anumang malubhang baboy genetika kumpanya at ito ay ginagamit upang mapabuti ang genetic pakinabang, na direktang nakakaapekto sa kakayahang kumita para sa mga customer. Ang impormasyong genotype ay ang pundasyon ng genomics at genomic selection. Isinasagawa ang genotyping gamit ang mga espesyal na "chips" na nagbabasa ng mga paunang natukoy na mga marker o solong nucleotide polymorphisms (SNPs). Sa kanan ay dalawang halimbawa ng mga magagamit na komersiyal na mga panel ng SNP. Ang parehong mga panel ay may kakayahan sa mga genotype 96 (Figure 1) o 24 (Figure 2) na hayop para sa libu-libong SNPs nang sabay-sabay, na kilala bilang high-throughput genotyping. Tatalakayin ng artikulong ito ang mga pangunahing kaalaman ng high-throughput genotyping at kung paano ang disenyo nito ay mahalaga sa mga resulta ng end user, ie mga kumpanya ng genetika.
Ang unang bahagi ng genotyping ay pagkolekta ng sample mula sa hayop at pagkuha ng DNA. Kasama sa karaniwang mga uri ng sample ang tissue (buntot, tainga ng tainga), buhok (dapat may follicle), at dugo. Anuman ang uri ng sample, dapat itong sapat na malaki upang kunin ang sapat na halaga ng DNA sa matagumpay na genotype ng isang hayop.
Ang dalawang aspeto ng disenyo ng panel ng SNP ay nakakaimpluwensya sa mga resulta sa gumagamit ng dulo, ang mga ito ay spacing ng SNP sa kabuuan ng densidad ng genome at SNP. Ang densidad ay tumutukoy sa bilang ng mga SNP sa panel, na umaabot mula sa ilang libu-libong 650 na libu-libo sa magagamit na mga panel ng komersyo. Ang pinaka karaniwang ginagamit na bilang ng mga SNP ay sa pagitan ng 50,000 at 65,000 SNPs. Kung ang bilang ng mga marker sa panel ay 3,000 o 650,000, ang mga marker ay kailangang maging pantay-pantay na puwang sa buong genome upang mapahusay ang pagsusuri ng genomic. Halos lahat ng marker sa isang SNP panel ay hindi aktwal na gene (s) at sa gayon ay hindi direktang nakakaapekto sa katangian ng interes, ngunit nakaugnay sa isang gene na ginagawa. Kung ang mga marker ay masyadong malapit, maaaring malamang na makilala ang parehong epekto ng isang gene sa isang partikular na katangian, na kung saan ay kalabisan. Kung may napakaraming distansya sa pagitan ng mga marker, ang user ay hindi maaaring makilala ang epekto ng isang gene sa katangian ng interes sapagkat ang alinman sa mga marker ay sapat na malapit na "naka-link" sa gene ng interes. Samakatuwid, ang mas maliit ang densidad ng panel, ang karagdagang paghiwalayin ang mga marker ay dapat na sumasaklaw sa buong genome.
Sa wakas, ang kalidad ng SNP ay mahalaga. Ang bawat SNP ay may dalawang "estado" na kilala bilang alleles (hal. A at B) at ang mga alleles ay maaaring bumuo ng tatlong iba't ibang mga kumbinasyon (AA, AB at BB), na kilala bilang genotipo ng SNP. Kapag pinag-aaralan ng computer ang SNP panel, ang bawat isa sa mga alleles ng isang SNP ay tinutukoy nang nakapag-iisa at tinutukoy bilang mga "intensity" na halaga. Kapag ang dalawang mga halaga ng intensity ay plotted laban sa bawat isa para sa isang grupo ng mga hayop, ang mga natatanging pagpapangkat ay dapat na naroroon. Ang mga grupong ito ay ang mga genotype. Nasa ibaba ang isang halimbawa ng isang SNP na may mahusay na kalidad gamit ang 949 Genesus na mga hayop. Sa kasong ito ang horizontal grouping (asul) ay genotype AA, ang vertical grouping (berde) ay BB, at ang diagonal grouping (pula) ay may isa sa bawat isa sa alleles, o AB.
Sa nakalipas na mga taon, pinahintulutan ng bagong teknolohiya ang end user na "ipasadya" ang mga panel ng SNP. Ang pagpapasadya ng isang SNP panel ay nagbibigay-daan sa end user na isama ang SNP na may kaugnayan sa kanilang mga populasyon, bilang karagdagan sa standard SNPs sa panel. Sa paglipas ng mga taon, ang Genesus ay may genotyped na libu-libong mga hayop at nakilala ang mga SNP na mahalaga sa mga populasyon nito. Kamakailan ay nagtrabaho si Genesus sa isang genotyping company upang isama ang mga SNP na ito sa isang customized panel na gagamitin sa aming genomic evaluation. Ang mga custom na SNP na ito ay nauugnay sa mga mahahalagang pang-ekonomiyang katangian tulad ng pag-inom ng pagkain, paglago, paghasik ng kahusayan sa lactation, kalidad ng karne at kalusugan ng populasyon tulad ng PRRS at PCV2 resilience. Ang pinasadyang panel na kinabibilangan ng 55,000 SNP ay magpapataas ng rate ng genetic gain at sa huli ay mapapataas ang kakayahang kumita para sa mga customer ng Genesus.
Nakategorya sa: Tampok na Balita, Global Tech
Ang post na ito ay isinulat ni Genesus