Mga Metafounder: Ang Kinabukasan ng Pagsusuri ng Genetikong Baboy

Everestus Akanno, PhD., Geneticist, Genesus Inc.

Ang layunin ng pag-aanak ng mga programa ng pag-aanak ng mga baboy na nukleus ay upang mapabuti ang pagganap ng mga komersyal na crossbred pig. Gayunpaman, kung ano ang lilitaw na magkatulad na mga ugali (hal., Rate ng paglaki) ay maaaring ipahayag nang magkakaiba sa antas ng komersyo at nucleus na kawan at sa gayon ay maaaring hindi magkatulad ng genetiko dahil sa mga pagkakaiba sa pamamahala, kapaligiran sa produksyon, atbp

Dahil dito, ang pag-unlad na pang-genetiko na nakamit sa nucleus ay maaaring hindi direktang naobserbahan sa komersyal na kawan. Samakatuwid, ang kasalukuyang pagsisikap sa pagsasaliksik ay nakatuon sa pagsusuri ng posibilidad ng pagsasama ng komersyal na data sa mga programa ng pagsusuri ng nukleus na genetic upang mahulaan ang mga halaga ng pag-aanak ng mga hayop na nukleus para sa pagganap ng crossbred (Christensen et al. Genet. Sel. Evol. (2015) 47:98, doi: 10.1186 / s12711-015-0177-6). Kinakailangan nito ang pagkolekta ng karagdagang impormasyon ng mga ninuno mula sa nukleus hanggang sa komersyal na baboy upang masusubaybayan ang mga ugnayan ng genetiko sa mga komersyal at nukleus na baboy.

Ang mga tradisyunal na diskarte ng pagsubaybay sa impormasyon ng sire at dam sa mga multiplier at antas ng komersyal ay maaaring maging mahal at karaniwang nangangailangan ng kooperatiba na komersyal na mga kawan ng pananaliksik na kung saan ang kanilang mga sarili ay maaaring hindi tunay na kinatawan ng tipikal na mga kawan ng komersyo. Ang isang paraan upang harapin ang isyung ito ay ang paggamit ng impormasyong genomic sa mga crossbred at nucleus na hayop upang lumikha ng isang pinagsamang ugnayan ng genetiko sa iba't ibang antas ng kawan. Ang isang mahalagang katanungan para sa pagsusuri ng genomic gamit ang ganitong uri ng data ay kung paano tukuyin ang mga ugnayang genetiko sa loob at kabuuan ng mga batayang henerasyon ng maraming populasyon (hal. Purebreds, F1 (YL) crossbreds at 3-way (D (YL)) crossbreds).

Ano ang mga metafounder?

Ang Metafounders ay isang pangkat ng mga indibidwal, na may hindi kilalang mga magulang na itinuturing na mga tagapagtatag ng ninuno na kung saan nagmula ang pinakamatandang mga hayop (Legarra et al. Genetics, Vol. 200, 455-468 Hunyo 2015, doi: 10.1534 / genetics.115.177014). Ang isang pangkat ng metafounder ay nilikha batay sa ilang anyo ng pagkakapareho tulad ng linya ng genetiko, kasarian, o edad. Ang mga ito ay itinuturing na nauugnay sa kanilang mga sarili at ang kanilang ugnayan sa kanilang sarili ay nagmula sa genomic na relasyon ng lahat ng kanilang mga inapo.

Paggamit ng mga metafounder sa pagsusuri ng genetiko

Ang plano na gumamit ng data mula sa lahat ng mga antas ng produksyon para sa layunin ng pagsasagawa ng pinagsamang purebred-crossbred na pagsusuri ng genetiko ay nagbukas ng pagkakataon para sa pagbuo ng isang pinagsama at kumpletong ugnayan para sa maraming populasyon na mga pamilya. Kung saan ang pedigree ay magagamit tulad ng sa nucleus, ang bawat nag-aambag na lahi ay mayroong sariling pinakalumang mga hayop, at ipinapalagay na hindi nauugnay sa mga pinakalumang hayop mula sa iba pang mga purebred na populasyon.

Sa senaryong ito, ang mga metafounder ay ginagamit upang lumikha ng isang ugnayan sa lahat ng mga pinakalumang hayop mula sa iba't ibang mga lahi, sa gayon, na nag-uugnay sa mga dataset mula sa iba't ibang mga lahi. Ginagamit ang impormasyong genomic upang tantyahin ang mga ugnayan na ito para sa komersyal na crossbred data at sa gayon ay ikonekta ang mga metafounder at lahat ng mga mapagkukunan ng data nang magkasama.

Bilang isang halimbawa, ipinapakita ng Talahanayan 1 ang pag-setup ng pedigree para sa 11 baboy na iginuhit mula sa lahat ng mga antas ng produksyon. Tatlong metafounder bawat isa para sa Landrace (AF-L), Yorkshire (AF-Y) at Duroc (AF-D) ay nilikha upang ikonekta ang lahat ng tatlong mga lahi. Ang mga Indibidwal na 1-6 ay kumakatawan sa mga purebred founder para sa mga lahi ng Landrace, Yorkshire at Duroc at ipinapalagay na nagmula sa bawat isa sa tatlong mga metafounder. Ang mga Indibidwal na 7-9 ay kumakatawan sa lahat ng mga purebred na baboy na ipinanganak at lumaki sa nucleus. Ang Indibidwal na 10 ay kumakatawan sa lahat ng mga F1 crossbred na baboy (LY) sa antas ng multiplier habang ang indibidwal na 11 ay kumakatawan sa three-way terminal cross (D (LY)) sa antas ng komersyo.

Ang paglikha ng isang kumpletong kagalingan sa ganitong paraan ay tinitiyak na ang lahat ng data na lumalabas sa iba't ibang mga sistema ng produksyon ay naiugnay sa isa't isa at ginagamit para sa hangaring genetika sa pagsusuri. Ang pag-iingat sa pagsisikap na ito ay ang sobrang gastos na nauugnay sa mga genotyping na hayop sa lahat ng mga antas ng produksyon upang makapagtatag ng isang mahusay at kumpletong relasyon.

Epekto ng mga metafounder sa hula ng halaga ng pag-aanak

Bukod sa halatang epekto ng pagsasagawa ng pagsusuri ng genetiko gamit ang isang malaking dataset mula sa lahat ng mga antas ng industriya, mga resulta sa maagang pananaliksik (Xiang et al. J Anim Sci. 2017 Abr. 95 (4): 1472-1480. Doi: 10.2527 / jas.2016.1155 ; van Grevenhof et al. J. Anim. Sci. 2019.97: 548-558, doi: 10.1093 / jas / sky433) ay nagpakita:

Pinahusay na kawastuhan ng mga halaga ng pag-aanak at pagpapabuti sa rate ng nakuha ng genetiko.
Pagpapabuti sa pagraranggo ng mga kandidato sa pagpili.
Bawasan ang inbreeding.

Ang Koponan ng Genesus Research and Development ay patuloy na nagsasaliksik at sumusuri sa sistema ng pagsusuri ng genetiko at kasalukuyang nakakakuha ng mga genotypes at phenotypes mula sa lahat ng antas ng produksyon upang magpatupad ng isang genomic purebred-crossbred na pagsusuri para sa lahat ng mga hayop na punong nukleus. Ang pagsisikap na ito ay matiyak na ang Genesus Inc. ay patuloy na kumukuha ng posisyon sa pamumuno sa pagpapabuti ng genetiko na merito ng stock ng pag-aanak ng Genesus upang matugunan ang mga pangangailangan ng lahat ng mga customer.