Un altro strumento genomico per migliorare le dimensioni della figliata
Chunyan Zhang, Phd, Genetista Genesus Inc.
La dimensione della lettiera è un fattore molto importante che determina la redditività delle scrofe. Un limite importante per aumentare le dimensioni della figliata è la perdita embrionale che si verifica durante la settimana di gestazione da 2nd a 3rd (Geisert e Schmitt, 2002, J Anim Sci. 80, E54-E65).
Molti fattori possono contribuire a questa perdita e una possibile causa di mortalità embrionale precoce può essere l'esistenza di alcuni alleli dannosi (diverse forme di un gene) per geni essenziali che portano alla morte del feto poco dopo che una femmina rimane incinta. La frequenza di questi alleli dannosi potrebbe essere ridotta in una popolazione dopo una selezione a lungo termine per grandi dimensioni della figliata, come nelle razze materne. Tuttavia, nelle razze che non sono state selezionate per aumentare le dimensioni della figliata (ad esempio Duroc), questi alleli dannosi possono essere ignorati (o nascosti) e con una frequenza più elevata rispetto a quella delle popolazioni selezionate.
Di solito questi alleli dannosi causano la morte del feto quando sono presenti nello stato omozigote (chiamato recessivo, una copia dannosa da ciascun genitore, ad esempio un aa). Quando sono presenti nello stato eterozigote (gli alleli ereditati dalla madre e dal padre sono diversi, come Aa), l'individuo sopravvive ed è fenotipicamente normale. Questo animale eterozigote, noto come trasportatore, è molto difficile da identificare e quindi può continuare a diffondere gli alleli dannosi nella popolazione.
La tecnologia genomica ora fornisce un approccio all'avanguardia per rilevare tali alleli dannosi che dovrebbero essere relativamente comuni in una popolazione non selezionata, ma non si verificano mai nello stato omozigote recessivo negli animali vivi. Questo approccio richiede solo dati genotipici su individui fenotipicamente normali (cioè vivi) per rilevare gli alleli dannosi attraverso l'analisi statistica. Questo approccio è stato inizialmente utilizzato nei bovini da latte e ha rilevato alleli associati a difetti della fertilità (VanRaden et al., 2011, J Dairy Sci. 94, 6153-6161). Studi più recenti hanno iniziato a guardare nei maiali e hanno trovato alcuni alleli associati a cucciolate più piccole e altri maialini nati morti in linee di dighe e / o linee commerciali (Häggman e Uimari, 2017, J Anim Breed Genet. 134, 129-135; Howard et al ., 2017, GSE. 49, 57; Derks et al., 2017, BMC Genomics. 18, 858).
Nel database genomico di Genesus, abbiamo migliaia di suini con dati informativi sul genotipo (60K, 80K, 650K e ampiezza di sequenza) che ci consentono di cercare questi alleli potenzialmente dannosi legati alle dimensioni della cucciolata e stimare ulteriormente i loro effetti sulla fertilità del cinghiale attraverso il nostro ampio insieme di fenotipi. Il nostro impegno iniziale si è concentrato sui verri Duroc utilizzando genotipi SNP 650K. Si è scoperto che diverse regioni del genoma ospitano alleli potenzialmente dannosi. Ad esempio, per il SNP più significativo abbiamo previsto che dovrebbero esserci 45 individui omozigoti recessivi (aa) ma nessuno è stato osservato. La regione contenente questo SNP era significativamente associata a più feti mummificati (P <0.001).
Rispetto ai precedenti rapporti sui maiali (vedi sopra), le regioni genomiche identificate sembrano essere in qualche modo specifiche di razza o di popolazione, anche se abbiamo visto alcune regioni che potrebbero sovrapporsi ai risultati precedenti.
Questi risultati forniscono preziose informazioni per aumentare potenzialmente le dimensioni della lettiera nella popolazione di Genesus Duroc. Ciò porterebbe non solo a un numero maggiore di maiali prodotti, ma a un aumento del miglioramento genetico attraverso un'intensità di selezione più elevata. Gli approcci per ridurre la frequenza di questi alleli dannosi includono la selezione genomica e piani di accoppiamento basati sul genoma utilizzando il chip SNP personalizzato Genesus.
L'implementazione di tali risultati di ricerca contribuirà in modo significativo all'obiettivo di Genesus di aumentare il valore e la redditività per i clienti Genesus.
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Questo post è stato scritto da Genesus