Stratégies pour maximiser le gain génétique à long terme à l'ère de la génomique

Dinesh Thekkoot PhD, Genesus Inc.

La sélection génomique (GS) est une nouvelle méthode pour améliorer les caractères économiques dans les populations animales en utilisant l'information provenant des marqueurs moléculaires, des phénotypes et du pedigree. Cette méthode offre l'opportunité d'estimer plus précisément et plus tôt dans la vie les valeurs génétiques des candidats à la sélection et pour les caractères difficiles à mesurer comme les caractéristiques de la carcasse et de la santé. Pour cette raison, il est considéré comme un changement de paradigme pour l'élevage et est adopté par la plupart des industries de l'élevage dans le monde entier. Dans le paysage actuel de la reproduction animale commerciale, l'information génomique est principalement utilisée pour prédire les valeurs d'élevage des candidats à la sélection. Il y a plusieurs autres composantes du schéma de sélection qui peuvent être affectées par l'incorporation d'informations génomiques. Ces composants interagissent entre eux et doivent donc être optimisés pour maximiser la réponse génétique à long terme. Certains de ces composants spécifiques à l'élevage porcin sont listés ci-dessous

Stratégies de phénotypage / génotypage

Le succès d'un programme GS dépend de la taille de la population d'animaux qui ont à la fois des génotypes et des phénotypes (appelés population de référence), qui sont utilisés pour prédire les valeurs génomiques des jeunes candidats à la sélection. Pour maintenir les précisions de prédiction élevées de l'évaluation génomique, la population de référence doit être mise à jour régulièrement. Mais, le nombre de phénotypes / génotypes pouvant être collectés dans un programme de sélection est limité et dépend (a) du coût du phénotypage / génotypage: en raison du coût élevé, il ne sera pas possible de collecter des phénotypes / génotypes sur tous les animaux et pour tous les caractères de l'index de sélection. De plus, les installations requises pour mesurer des phénotypes précis pourraient être limitées. (b) Les rendements marginaux décroissants étant donné que nous allouons plus de ressources pour des phénotypes / génotypes supplémentaires, à mesure que le nombre de phénotypes / génotypes augmente, l'avantage d'ajouter un phénotype / génotype diminue, bien que le coût de collecte de ce phénotype / génotype reste le même. Tous ces facteurs peuvent influencer le gain génétique dans un programme de sélection, et devraient donc être optimisés pour maximiser le gain génétique à long terme.

Utilisation d'informations croisées

Le croisement est largement utilisé dans l'industrie porcine, et l'objectif de l'amélioration génétique est d'améliorer les performances croisées dans des conditions commerciales, tandis que la sélection est basée sur la performance purebred dans les noyaux / troupeaux de multiplication. En général, la corrélation génétique entre le même trait enregistré dans le noyau et les troupeaux commerciaux est inférieure à 1, ce qui indique que le contrôle génétique du trait peut différer entre le noyau et les troupeaux commerciaux (c.-à-d. Les environnements). Pour les caractères ayant une corrélation génétique de 0.7 ou moins, il est suggéré que les données provenant des fermes commerciales soient incorporées dans les programmes d'évaluation génétique afin d'obtenir de plus grandes réponses génétiques chez les populations croisées. L'utilisation de l'information génomique aidera à incorporer les informations croisées dans l'évaluation de routine, augmentant ainsi la précision des valeurs reproductives estimées de la performance croisée à partir de données de race, et maximisera le gain génétique à long terme (Dekkers 2007).

Validation du pedigree

Les erreurs de pedigree peuvent réduire le taux de gain génétique. Les informations génomiques peuvent être utilisées pour confirmer et corriger le pedigree, et ainsi maximiser le gain génétique à long terme.

Réévaluer les index de sélection

Pour maximiser le gain génétique à long terme, nous pouvons penser à modifier les objectifs de sélection. Avec la disponibilité de l'information génomique, nous avons la possibilité de modifier l'objectif de sélection en incorporant des traits tels que la santé et la forme physique ainsi que des valeurs économiques appropriées pour ces caractères. De plus, comme la sélection génomique augmente le taux de gain génétique, nous devons réévaluer et redéfinir les objectifs de sélection plus souvent (Henryon et al., 2014).

Stratégies de sélection

Les informations génomiques peuvent être utilisées pour repenser les méthodes de sélection afin de maximiser le gain génétique à long terme en contrôlant les taux de consanguinité, maintenir une variation génétique suffisante, ajuster la taille de la population du noyau, augmenter l'intensité de la sélection. ici, Etc.)

Stratégies d'accouplement

Généralement, les modèles d'accouplement reçoivent moins d'attention que les autres composants tout en pensant à maximiser les gains génétiques à long terme. Toute augmentation apportée par la modification d'un modèle d'accouplement peut être considérée comme un avantage supplémentaire pour tout système de sélection car la plupart des changements dans le schéma d'accouplement peuvent être introduits sans coût supplémentaire ou sans contraintes logiques. L'information génomique nous aidera à modifier les conceptions d'accouplement afin de disperser plus efficacement la contribution génétique en réduisant le taux de consanguinité (Henryon et al., 2014).

Genesus a mené des recherches dans le domaine de l'évaluation génomique (GE) et la sélection à partir de 2011, en investissant dans la technologie pour mesurer avec précision les caractères difficiles, créant de grandes populations d'animaux avec des génotypes et tous les phénotypes. et données et validation des programmes GE et GS. Récemment, Genesus a incorporé GE et GS dans leurs programmes de sélection afin de maximiser la réponse génétique à long terme et de maximiser ainsi la rentabilité des clients de Genesus.