Metafundadores: el futuro de la evaluación genética porcina

Everestus Akanno, PhD., Genetista, Genesus Inc.

El objetivo de cría de los programas de cría de cerdos de núcleo es mejorar el rendimiento de los cerdos cruzados comerciales. Sin embargo, lo que parecen ser los mismos rasgos (p. Ej., Tasa de crecimiento) pueden expresarse de manera diferente a nivel comercial y de rebaño núcleo y, por lo tanto, pueden no ser genéticamente iguales debido a diferencias en el manejo, el entorno de producción, etc.

En consecuencia, el progreso genético logrado en el núcleo puede no observarse directamente en el rebaño comercial. Por lo tanto, los esfuerzos de investigación actuales se centran en evaluar la posibilidad de incorporar datos comerciales en los programas de evaluación genética del núcleo para predecir los valores de reproducción de los animales del núcleo para el rendimiento cruzado (Christensen et al. Genet. Sel. Evol. (2015) 47:98, doi: 10.1186 / s12711-015-0177-6). Esto requiere recopilar información adicional sobre el pedigrí desde el núcleo hasta el cerdo comercial para poder rastrear las relaciones genéticas entre los cerdos comerciales y del núcleo.

Los enfoques tradicionales de seguimiento de la información de padres y madres a niveles multiplicadores y comerciales pueden ser costosos y generalmente requieren rebaños de investigación comercial cooperativa que, por sí mismos, pueden no ser verdaderamente representativos de los rebaños comerciales típicos. Una forma de abordar este problema es utilizar la información genómica de los animales cruzados y del núcleo para crear una relación genética combinada en los diferentes niveles del rebaño. Una cuestión importante para la evaluación genómica que utiliza este tipo de datos es cómo definir las relaciones genéticas dentro y entre las generaciones base de múltiples poblaciones (por ejemplo, razas puras, cruces F1 (YL) y cruces de 3 vías (D (YL))).

¿Qué son los metafundadores?

Los metafundadores son un grupo de individuos, con padres desconocidos que se consideran fundadores ancestrales de los que pueden haberse originado los animales más antiguos (Legarra et al. Genetics, Vol. 200, 455–468, junio de 2015, doi: 10.1534 / genetics.115.177014). Un grupo metafundador se crea en función de alguna forma de similitud, como la línea genética, el sexo o la edad. Se considera que están relacionados entre sí y su relación entre ellos se deriva de la relación genómica de todos sus descendientes.

Usando metafundadores en la evaluación genética

El plan de utilizar datos de todos los niveles de producción con el fin de realizar una evaluación genética combinada de pura raza cruzada ha abierto la oportunidad de desarrollar una relación combinada y completa para múltiples poblaciones de pedigrí. Donde el pedigrí está disponible como en el núcleo, cada raza contribuyente tiene sus propios animales más viejos, y se supone que no están relacionados con los animales más viejos de otras poblaciones de raza pura.

En este escenario, los metafundadores se utilizan para crear una relación entre todos los animales más viejos de diferentes razas, vinculando así los conjuntos de datos de las distintas razas. La información genómica se utiliza para estimar estas relaciones para datos comerciales cruzados y, por lo tanto, conectar los metafundadores y todas las fuentes de datos.

Como ejemplo, la Tabla 1 muestra la configuración del pedigrí para 11 cerdos extraídos de todos los niveles de producción. Se crearon tres metafundadores para Landrace (AF-L), Yorkshire (AF-Y) y Duroc (AF-D) para conectar las tres razas. Los individuos 1-6 representan a los fundadores de raza pura de las razas Landrace, Yorkshire y Duroc y se supone que se originan en cada uno de los tres metafundadores. Los individuos 7-9 representan todos los cerdos de raza pura nacidos y criados en el núcleo. El individuo 10 representa todos los cerdos cruzados F1 maternos (LY) en el nivel del multiplicador, mientras que el individuo 11 representa el cruce terminal de tres vías (D (LY)) a nivel comercial.

La creación de un pedigrí completo de esta manera garantiza que todos los datos que salen de los diversos sistemas de producción estén vinculados entre sí y se utilicen con fines de evaluación genética. La advertencia de este esfuerzo es el costo adicional asociado con el genotipado de animales en todos los niveles de producción para poder establecer una relación buena y completa.

Impacto de los metafundadores en la predicción del valor genético

Además del impacto obvio de realizar una evaluación genética utilizando un gran conjunto de datos de todos los niveles de la industria, los primeros resultados de la investigación (Xiang et al. J Anim Sci. 2017 Abr; 95 (4): 1472-1480. Doi: 10.2527 / jas.2016.1155 ; van Grevenhof et al. J. Anim. Sci. 2019.97: 548–558, doi: 10.1093 / jas / sky433) han demostrado:

Mayor precisión de los valores genéticos y mejora de la tasa de ganancia genética.
Mejora del ranking de candidatos seleccionados.
Disminución de la consanguinidad.

El Equipo de Investigación y Desarrollo de Genesus está investigando y revisando continuamente el sistema de evaluación genética y actualmente está adquiriendo genotipos y fenotipos de todos los niveles de producción para implementar una evaluación genómica de cruzas puras para todos los animales del núcleo. Este esfuerzo garantizará que Genesus Inc. continúe ocupando una posición de liderazgo en la mejora del mérito genético del ganado reproductor Genesus para satisfacer las necesidades de todos los clientes.